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vendredi 19 avril 2013

Nouvel article publié dans la revue OPIE

En ce début de mois d'avril, je viens de publier un nouvel article dans la revue OPIE, numéro de mars 2013 n°168.
Il porte sur la modernisation et la numérisation de la collection entomologique de l'INRA d'Orléans : Unité de Recherche Zoologie Forestière, que j'ai réalisé durant décembre 2011 et mai 2012.

Une description plus détaillée ce trouve avant celle-ci. Je vous invite à vous y reporter pour avoir plus de précision sur la méthodologie et l'objectif de ce projet.

Je vous le mets en ligne :



lundi 28 janvier 2013

Modernisation et numérisation d'une collection entomologique à l'INRA d'Orléans

Une partie des étagères contenant les 600 boîtes de la collection
Ma dernière mission a été réalisée à l'Unité de Recherche "Zoologie Forestière" de l’INRA d’Orléans entre décembre 2011 et juin 2012. Cette unité possède une collection entomologique riche de quelque 600 cartons et de milliers de spécimens issu de 80 ans de collecte en France et à travers le monde. Aucun travail de classement, d’inventaire ou de valorisation n’avait jamais été effectué.

C'est pourquoi, en collaboration avec le département Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques (EFPA), Alain Roques, qui dirige l’unité, m’a confié la responsabilité de moderniser et valoriser cette collection. Elle témoigne d’une biodiversité aujourd’hui souvent disparue et contient des informations d’une incroyable richesse. Le but était de disposer de données pouvant servir ultérieurement à des projets de recherche sur la biodiversité, la préservation des écosystèmes et aussi la génétique des populations. Au titre de l’action « Patrimoine », un financement a été octroyé par la Région Centre pour la réalisation de cette mission.

Modernisation de la collection
Une étape préliminaire de modernisation d’une durée de six mois s’est déroulée en trois temps.
Imago (Adulte) d'Anthrenus sp.
Après un séjour de 2 jours à -21°C destiné à éliminer les Anthrènes (Anthrenus sp.), chacune des boîtes a été ouverte et référencée dans une base de données.
Larve d'Anthrenus sp.










Cette étape a donc été l’occasion d’assainir la collection et les conditions de son stockage. Les boîtes,
Exemple d'une fiche (Oryctes nasicornis)
sur Fauna Europea
datant du milieu du siècle dernier, contenaient de la créosote2 qui a été éliminée. Les boîtes trop détériorées ont été remplacées. Les cartons contaminés et la créosote ont été acheminés vers un centre de recyclage pour déchets toxiques.
L’inventaire du contenu des 600 cartons a permis de réunir les spécimens, jusqu’alors dispersés, par familles et sous-familles. En particulier des boîtes de Curculionidés et de Cérambycidés ont pu être constituées.
La seconde étape a consisté à classer toutes les espèces selon la classification actuellement en vigueur. Pour cela, un important travail d’actualisation de chacun des noms et de leur place dans la systématique a été accompli à l’aide du site Fauna Europaea3 (www.faunaeur.org).


Classement selon l'ordre taxinomique des spécimens
Exemple d'étiquetage : Famille des Tortricidae
et sous famille des Olethreutinae

















Enfin, cette modernisation effectuée, les insectes ont trouvé leur place définitive dans des boîtes neuves selon l'ordre taxinomique signalé par des étiquettes (ordres, familles, sous-familles, tribus, genres et espèces).


Numérisation

Chaque spécimen a ensuite été identifié individuellement par un code-barre et intégré dans une base de données développées en interne. Cet outil informatique permet de tracer chaque échantillon entrant dans les laboratoires, et d'en consigner la nature (imago, pupe, patte...), son origine (date et lieu de prélèvement, collecteur, plante-hôte...), sa localisation dans le laboratoire (collection, réfrigérateur, congélateur...) et son mode de conditionnement (en alcool, à sec...). L'étiquetage d'origine de nombreux spécimens est incomplet. Notamment, lieu ou date de capture sont souvent manquants. Selon l'époque de mise en collection des échantillons, les cahiers renfermant ces informations ont été égarés. Aussi, une grande partie des insectes ne présentent aucun étiquetage et ne sont pas identifiés. Tous ces spécimens, écartés de la collection, ont été rassemblés par familles et sous-familles dans des boîtes à part. Par manque d'expertise et de temps, leur identification est reportée.

La collection informatisée comporte à ce jour 370 espèces (1 644 spécimens) de Curculionidae, 101 espèces (757 spécimens) de Tortricidae, 38 de Chalcidoidea (576 spécimens dont 280 d'Agaonidae tropicaux), 52 ( dont 215 spécimens) de Cerambycidae et 18 (93 spéciemens) de Buprestidae. Toutes ces familles intéressent les travaux réalisés par l'Unité.

Code-barre utilisé pour chacun
des individus de la collection
Le système d’identification est analogue à celui utilisé pour gérer des marchandises. Le code-barres, de type bidimensionnel, est placé sous chacun des insectes, est lu par un lecteur laser.
Grâce à cet outil informatique, les informations sur la provenance et le nombre de spécimens de telle ou telle espèce mais aussi leur place dans la collection sont maintenant disponibles.

Cependant, ce sont des milliers de spécimens de nombreuses familles (Hyménoptères, Lépidoptères, Coléoptères) qui n'ont pas été intégrés à la base de données et qui n'ont pas été classés. Des mois de travail seront encore nécessaires pour finaliser ce projet. 
Le traitement des données demandera encore des années d'études. 

Valorisation des résultats
Toutes les informations recueillies concernant les dates et les sites de prélèvements s’avèrent très pertinentes pour la construction d’atlas. Ces atlas permettent d’appréhender les secteurs les plus riches en espèces et les sites abritant des faunes originales. Pour les spécimens anciens, il devient possible de mener des comparaisons spatiales et temporelles avec les données actuelles afin de mettre en lumière l’évolution des aires de répartition et les dynamiques des populations au cours des cinquante dernières années. Le Muséum national d’histoire naturelle de Paris (MNHN) et l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN) seront associés à l’intégration des données.

En six mois, près de 3 300 insectes et 579 espèces ont été classés et incorporés à la base de données.

2 La Créosote est issue d'huiles extraites de goudron ou de bois et a souvent été utilisée comme pesticide au cours du XXe siècle. Composée principalement d'hydrocarbures aromatiques polycycliques, elle est considérée comme toxique et cancérigène. Son interdiction en Europe date de 2002.

3 Fauna Europea est un programme lancé en 2000 par la Commission Européenne de façon à disposer d'une base de données rassemblant les noms valides de toutes les espèces terrestres et d'eau douce vivant en Europe. Il fédère l'expertise de plusieurs centaines de spécialistes.


mercredi 13 juillet 2011

Mission en Guyane française

Contexte :

Dans la continuité de mes travaux réalisés au Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris/CNRS dans l'équipe de Mathieu Joron (voir mission au Panama), je suis parti avec 4 membres de l'équipe en Guyane française afin de réaliser des collectes de matériel biologique.


Membres de l'équipe :
  • Mathieu JORON
  • Lise FREZAL
  • Robert JONES
  • Jérome BARBUT
  • Benoît GILLES

La mission d'un mois a consisté à collecter en pleine forêt tropicale des spécimens de papillons mimétiques de la famille des Heliconius, comme H. numata, dans différentes régions de Guyane française.

Ainsi, nous avons principalement prospecté dans trois zones :
  • Alentours de Cayenne (6 jours)
  • Montagne de Kaw (7 jours)
  • Stations des Nouragues (10 jours)


    Situation géographique des trois sites de prospection en Guyane française



    Situation géographique des trois sites de prospection en Guyane française
    Expédition dans la région de Kaw :

    La région est formée d'une zone montagneuse et d'une zone marécageuse dont la majeure partie est protégée.

    Situation géographique de la réserve de Kaw-Roura

    La réserve naturelle des marais de Kaw-Roura se situe à quelques kilomètres au sud-est de Cayenne, entre les ville de Roura et de Régina. De part sa superficie, elle est la troisième réserve française (94700 hectares) et la plus vaste zone humide de France. Elle fut créée par décret le 13 mars 1998.

    Les marais, essentiellement composés de savane flottante à Cypeus sp. et d'Araceae, sont bordés par l'Océan Atlantique au nord-est et par deux fleuves : le Mahury et l'Approuague, et son alimentés par la crique Angélique et la rivière de Kaw. 
    La montagne de Kaw est le premier relief rencontré par les alizés venant de la mer ce qui en fait une des zones les plus pluvieuses de Guyane. 

    La région est connue pour sa très grande biodiversité et un taux d'endémisme élevé.

    On y trouve quatre espèces de caïmans : le caïman rouge (Paleosuchus palpebrosus), le caïman gris (Paleosuchus trigonatus), le caïman à lunettes (Caïman crocodilus) et le caïman noir (Melanosuchus niger) pour qui la réserve est l'un de ces derniers refuges. 
    Environnement de la montagne de Kaw : 

    Panorama de la montagne de Kaw
    Panorama de la montagne de Kaw
    Feux d'origine anthropique pour le défrichement dans la plaine

    Les prospections : 
    Lise et moi en pleine chasse (Photo Mathieu JORON)
    Mathieu et Lise sur le bord de route
    Mathieu en pleine prospection
    Direction vers une autre zone
    Nouvelle zone de capture
    Mathieu suivant un Heliconius
    Zone de déboisement
    Pause déjeuner



    Le camp de Patawa :

    Durant notre présence sur la Montagne de Kaw, nous logions sur le camp Patawa. 

    Le camps Patawa se situe à environ 40 km de Roura dans la direction de Kaw. Plusieurs grands carbets pour les hamacs sont disponibles pour y passer la nuit et un carbet-resto pour se restaurer le soir.  De nombreux circuits de randonnées y sont proposés, dont celui de  l'excursion sur les marais de Kaw, à 10 min en voiture. 

    Vue de notre carbet et de nos hamacs

    Camp de Patawa
    Nos hamacs
    Le camp au matin


    mardi 12 juillet 2011

    Détermination et conditionnement des papillons pour la conservation de l'ADN :

    Afin de préserver le matériel génétique, on conditionne les corps des papillons récoltés dans des tubes de solutions spécifiques. Les ailes sont placées dans des enveloppes entomologiques. 
    Chaque échantillon est référencé dans une base de données où y est inscrit la date, le lieu (coordonnées GPS) et l'espèce.

    Mathieu et Robert conditionnant les captures du jour
    Le matériel
    Mathieu préparant les échantillons




    La Station des Nouragues : 

    Arrivée : 14 novembre 2009
    Départ : 23 novembre 2009

    La station de Nouragues est une station scientifique du CNRS (UPS 2561), implantée au coeur de la forêt tropicale humide primaire, au coeur de la Réserve Naturelle des Nouragues. Sa Mission est de promouvoir la recherche scientifique dans un site aussi éloigné que possible de l'influence directe des activités humaines.

    C'est un lieu privilégié pour l'étude du fonctionnement des forêts tropicales et de sa biodiversité. La station accueille des scientifiques d'organismes de recherche nationaux et internationaux. Il est mis à disposition des équipements scientifiques pour permettre des mesures pérennes, entretenus et opérés par le personnel technique de la station.

    Afin de limiter les perturbations de l'environnement par une trop grande fréquentation du site, la station ne peut accueillir qu'un nombre limité de scientifiques, suffisant pour développer les recherches et donc avoir une vision globale de l'écosystème mais aussi pour rentabiliser la structure. C'est pourquoi, la station n'est pas un établissement ouvert au public, sauf cas exceptionnel.

    La station est composé de deux camps de séjour permanent, distants de 8km (3 heures de marche) :

    • Le site Inselberg, adapté aux études portant sur la végétation forestière tropicale et constitue, par une pression de chasse nulle, un point de référence pour l'étude des mammifères.
    • Le site Pararé, installé au bord de la rivière, est adapté aux études des forêts riveraines et des communautés de rivière.
    La station est ouverte toute l'année. Elle peut ainsi accueillir des missions scientifiques de quelques jours à plusieurs mois. Des carbets de couchage, l'électricité, des réfrigérateurs et l'eau potable sont disponibles. La communication se fait par téléphone et internet satellitaire. 

    Géographie et milieu :

    la station est située sur le bassin versant de l'Arataye, un affluent de l'Approuague. où le relief ne dépasse pas les 120m d'altitude. La chaîne de montagne Balanfois, qui traverse la région, culmine à 460m. Le site Inselberg se trouve à la base d'un inselberg granitique de 430 m d'altitude (déf : Relief résiduel rocheux, escarpé dominant une plaine).

    La végétation est typique de la grande forêt primaire de basse altitude. il y a en plus des marécages à palmiers Euterpe (Pinoptières), des forêts de lianes et des cambrouzes (Bambous lianescents). Sur le sol lessivé du sommet de l'inselberg, où la roche granitique affleure, seules quelques espèces de plantes arrivent à se développer comme Clusia et Pitcairnia. A proximité du sommet, pousse une forêt riche en myrtacées et en plantes endémiques.

    Le climat est tropical humide, donc 3000 mm de précipitation annuelles, réparties sur 280 jours. Une saison sèche se situe entre les mois de septembre et novembre, et une autre durant le mois de mars, aussi appelé "petit été de mars".

    La moyenne mensuelle maximum des températures est de 33,5°C (32,1-35,6) et la moyenne mensuelle minimum est de 20,3°C (19,7-21).

    lundi 11 juillet 2011

    Départ pour la Station des Nouragues :


    Le voyage s'est fait en hélicoptère, 30 min de vol au lieu d'une journée en pirogue lorsque tout va bien...

    Voyage réalisé en hélicoptère (30 mn de voyage)
    Jérome et Robert 
    Mathieu et le pilote
    Survol du Mahury
    Embouchure du Mahury au sud-est de Cayenne

    Survol du Mahury :






    Survol de la ville de Roura

    Survol de la forêt tropicale humide de Guyane

    Arrivée à la station des Nouragues, vue sur l'inselberg :








    Le site Inselberg :

    Carbet central, lieu principal
    de vie (cuisine, épicerie, salle à manger...)
    Carbet central, vue opposée
    Epicerie, réfrigérateur (Carbet central)
    Carbets dortoirs (au nombre de 4) avec hamac 
    Carbets dortoirs vus du carbet central
    Carbet de travail, faisant office de laboratoire (photo Mathieu JORON)
    Inselberg vu du carbet central
    Inselberg
    Le site Pararé : 

    Liaison avec le site de l'Inselberg (8 km) : 3h de marche en pleine forêt, sentier difficile de part son relief et son faible marquage.

    Vue à l'arrivée du camp

    Carbet principal (cuisine, salle à manger) et carbet de couchage

    Carbet principal et réserve de nourriture

    Vue d'un carbet de couchage en hauteur

    Groupe sur le ponton d'accés